Él era también tío de Maria Barbara Bach, primera esposa de Johann Sebastian Bach. Johann Christoph tuvo una reputación como compositor que fue igualada solamente por la de Johann Sebastian dentro de la familia Bach durante el curso de su vida.

Era organista en Eisenach y más adelante miembro de la orquesta de cámara de la corte allí. Su hermano, Johann Michael Bach (suegro de Johann Sebastian Bach y padre de Maria Barbara), era también compositor. Algunos de sus trabajos fueron atribuidos más adelante a Johann Sebastian, pero reconocidos recientemente como escritos por Johann Christoph. Uno de los trabajos más famosos es la cantata "Meine Freundin, du bist schön", basada en El cantar de los Cantares, de Salomón. Su hijo mayor, Johann Nicolaus Bach, fue también compositor.

En 1663 fue designado organista de la Schlosskapelle de Arnstadt y se hizo organista de la Georgenkirche de Eisenach en el año 1665, desempeñándose como cembalista en la Hofkapelle y músico de cámara de la corte allí en 1700. Johann Christoph fue muy respetado en la familia Bach. El hermano de Johann Christoph, Johann Michael, era también muy respetado. Antes de Johann Sebastian, habrían considerado a Johann Christoph el músico más famoso de la familia Bach. Su trabajo es de la más alta calidad y, a veces, se ha atribuido incorrectamente a Johann Sebastian mismo (por ejemplo el motete "Ich lasse dich nicht”). Johann Christoph compuso obras corales (motetes y cantatas) y trabajos para órgano (preludios y fugas). Johann Sebastian describió a su tío segundo como “el compositor grande y expresivo”, y ejecutó sus trabajos a menudo al igual que Carl Philipp Emanuel.

Aunque Johann Christoph era un músico excelente, las dificultades financieras lo convirtieron en una persona amargada. Cuando el padre y la madre de Johann Sebastian murieron, la persona lógica para ser su tutor habría sido Johann Christoph. Probablemente debido a la estrechez financiera del tío Christoph, así como a su desagradable personalidad, en lugar de él Sebastian fue a vivir con su hermano en Ohrdruf. Johann Christoph murió en Eisenach agobiado por las deudas.

Sólo unos pocos trabajos suyos han sobrevivido: doce Motetes, siete u ocho Cantatas, dos Arias, cincuenta Corales con órgano y tres obras de Variaciones para clave. Cuatro de sus hijos fueron músicos -Johann Nikolaus Bach (1669-1753), Johann Christoph Bach (1689-1740), Johann Friedrich Bach y Johann Michael Bach- de los cuales Johann Nikolaus fue compositor.